1.1.2 进化与生命演化过程

天地为炉兮,造化为工;阴阳为炭兮,万物为铜。” 贾谊《鵩鸟赋》

1.1.2.1 《物种起源》达尔文
全名:On the Origin of Species by Means of Natural Selection, or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life ——论依据自然选择的物种起源,或在生存斗争中保存优良种族

生命及其蕴含之力能,最初注入寥寥几个或单个类型之中;当这一行星按照固定的引力法则循环运行之时,无数最美丽与最奇异的类型,即是从如此简单的开端演化而来,并依然在演化之中;生命如是之观,何等壮丽恢宏。

能生存下来的并不是最强壮的物种,也不是最智能的物种,而是最适应变化的物种。

1.1.2.2 《人类存在的意义》爱德华·威尔逊

1.1.2.3 尼克·莱恩(Nick Lane)的生命演化过程系列

《生命进化的跃升——40亿年生命史上10个决定性突变》
《复杂生命的起源》
《能量、性、死亡:粒線體與我們的生命》
《Oxygen》

一个有关“1.1.2 进化与生命演化过程”的想法

  1. 《Darwinian evolution as a dynamical principle》
    https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.2218390120
    进化并非赢家通吃
    https://mp.weixin.qq.com/s/XQw_oh9uYs1vjIcMQtAYbw
    – 为什么变异在功能上必须有别于选择?
    在所有适应性棘轮中,如计算蒙特卡洛,提议步骤与接受步骤是不同的。提议步骤必须尽可能不带偏见,并尽可能均匀、完整地对选项空间进行采样,而不预先判断在哪里会找到成功的选项。偏差和判断都集中在接受步骤中,而接受步骤则是为了提高适应性而进行选择。如果没有这种分离,适性棘轮就无法区分上坡和下坡。如果没有提议步骤和接受步骤的分离,机器就无法区分突变较差的好现状和突变较好的差现状。如果没有办法区分现状和建议的未来,进化就不会有适应性方向感。
    – 猜测: 为什么有 DNA 和蛋白质这两种聚合物?
    生物学通过使用不同类型的聚合物来实现有偏/无偏的分离。DNA 和 RNA 是信息性的,而蛋白质是功能性的。由于可折叠聚合物的序列与功能之间的关系,或相应地由于发育过程中表型表达的偏差,蛋白质中存在偏差。DNA 中的信息是无偏见的,因为这些分子是坚硬的杆状链分子,具有双链和较高的持续长度。无论 DNA 的序列是什么,DNA 的构象都相对独立于序列。相比之下,蛋白质则具有结构-功能关系,因为它们可以折叠成不同的形状。生物学通过生物大分子这些不同的物理特性,将无偏见的搜索和提议与有偏向的功能和接受区分开来。

  2. 《达尔文力学:统计力学的动力学基础》
    《科学》杂志2018年第2期
    https://mp.weixin.qq.com/s/IQp3TwmTYCxzDUEAzwoXnQ
    选择让完全无序不能实现;变异让完全有序不能实现。第一部分陈述表明随机因素的创造力:在选择的作用下,有序可以从无序中生长起来。第二部分是热力学第二定理的另一个表达,表明维持有序需要对应条件。在这个普适力学规范下,有序和无序,或熵和“负熵”,统一起来了,生命现象是可能的,至少在这个意义下,达尔文力学可以称为生命的力学。

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